Ren Amamiya está a punto de ingresar a su segundo año de secundaria, luego de ser transferido a la Academia Shujin en Tokio. Después de un particular incidente, su Persona despierta, y junto con sus amigos forman los “Phantom Thieves of Hearts” para reformar los corazones de los adultos corrompidos, robando la fuente de sus distorsionados deseos. Al mismo tiempo, una serie de crímenes extraños e inexplicables ocurren uno tras otro. Mientras por el día viven una vida normal como estudiantes de secundaria de Tokio, durante la noche recorren la ciudad impartiendo justicia como los Phantom Thieves.

Persona 5: The Animation será dirigido por Masashi Ishiyama, mientras que la historia original correrá a cargo de Katsura Hashino, productor de la franquicia. Shinichi Inotsume también participará en el desarrollo del guión. Tomomi Ishikawa adaptará a la animación los diseños de los personajes del juego hechos por Shigenori Soejima. A su vez, Kazuma Kaneko será el encargado del diseño de los demonios y Shoji Meguro repetirá su rol de compositor de la música, tal como lo hizo en el videojuego.