Macross Zero. Tomando lugar un año antes de que los Zentraedi lleguen a la Tierra, Macross Zero narra los últimos días de la guerra entre el U.N. Spacy y el anti-U.N. facciones. Después de ser derribado por el avión de combate más nuevo de la anti-U.N., el piloto Shin Kudo se encuentra en la remota isla de Mayan, donde la tecnología es casi inexistente. Mientras Shin se queda en la isla para sanar sus heridas, la tranquilidad de la isla se rompe por una batalla que involucra al más nuevo luchador de la ONU: el VF-0.

La historia de Macross Zero se sitúa un año antes de que los Zentradi lleguen a la Tierra. Cuenta la historia de los últimos días de la guerra entre las Naciones Unidas y la Alianza contra las Naciones Unidas.

El protagonista de la serie, Shin Kudou, llega a la deriva hasta la isla de Mayan tras ser derribado por un nuevo modelo de avión de la Alianza. En esa isla no hay ningún tipo de tecnología y a duras penas vive gente. Durante su estancia en la isla conoce a la sacerdotisa de la tribu que la puebla y a su hermana pequeña.

La situación se complica mucho cuando la batalla estalla sobre la isla.